select ref, count(distinct id) from table group by ref;
Ini akan memberi Anda hitungan id yang berbeda dengan ref.
select ref, count(*) from table group by ref;
Ini akan memberi Anda jumlah catatan berdasarkan referensi.
EDIT:
Coba ini untuk mendapatkan hasil yang Anda inginkan.
select t.*, m.counter
from table t
join (
select ref, count(distinct id) as counter
from table group by ref
) m on t.ref = m.ref
Contoh pada SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2