Bagaimana cara mengubah dua tajuk kolom yang berbeda dari tabel database yang sudah ada sebelumnya di sqlalchemy?

Tampaknya Anda menimpa nilai pertama setelah penggantian kedua. Saya harap merantai .replace bekerja:

@event.listens_for(Table, "column_reflect")
def reflect_col(inspector, table, column_info):
   column_info['key'] = column_info['name'].replace(' ', '_').replace('1st_time', 'secondcheck')

[EDIT]: Anda juga harus memastikan bahwa perubahan tidak akan berbenturan.

Karena dalam contoh ini perubahan pertama menggantikan spasi dengan garis bawah, Anda harus menyesuaikan penggantian kedua, karena sudah disebut 1st_time saat penggantian kedua dipanggil.