Saya pernah mengalami masalah ini sebelumnya. Properti ConnectTimeout hanya berlaku untuk waktu tunggu yang terjadi saat menyambungkan ke database, bukan untuk kueri.
Waktu Perintah Habis namun menentukan berapa lama harus menunggu kueri kembali. Saya percaya defaultnya adalah 30 detik. Periksa kembali dokumentasi untuk perpustakaan MySql Anda, tetapi untuk SqlCommand CommandTimeout dalam Detik, bukan milidetik.