Mysql:variabel tidak dikenal, tidak dapat menjalankan aplikasi mysql apa pun, sepertinya tidak ada hubungannya dengan my.cnf

dengan asumsi bahwa file konfigurasi Anda yang baik adalah /etc/my.cnf (yang mungkin tidak), edit file init mysql Anda dan tambahkan --init-file /etc/my.cnf ke perintah mysqld untuk memastikan bahwa itu memang membaca dari file init yang menurut Anda sedang dibaca.