Jawaban yang jelas adalah:cobalah.
Jawaban yang hampir jelas adalah:melakukan kueri seringkali lebih cepat daripada mengulangi melalui array di php. Satu kueri jauh lebih cepat daripada beberapa kueri karena lebih sedikit overhead.
Di sinilah saya akan mulai:
SELECT * FROM table WHERE something IS IN ('a1', 'a2', ..., 'a1000')