Untuk tabel tunggal Anda dapat melakukan sesuatu seperti ini:
ALTER TABLE tab CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
Untuk keseluruhan database saya tidak tahu metode lain selain yang mirip dengan ini:
http://www .commandlinefu.com/commands/view/1575/convert-all-mysql-tables-and-fields-to-utf8