Perbedaan utamanya adalah InnoDB mendukung transaksi sedangkan MyISAM tidak.
Ada banyak perbedaan lain, namun yang umum saya ketahui adalah:
- MyISAM biasanya dianggap lebih cepat dalam pencarian, tetapi peningkatan InnoDB baru-baru ini menghilangkan perbedaan ini dan meningkatkan kinerja beban kerja serentak yang tinggi
- InnoDB mendukung transaksi sedangkan MyISAM tidak
- InnoDB mendukung integritas referensial sedangkan MyISAM tidak
- InnoDB menangani indeks sedikit berbeda, menyimpan kunci utama sebagai bagian dari setiap indeks (membuat indeks mengambil lebih banyak ruang pada disk, tetapi juga membuat indeks penutup lebih mungkin)
- MyISAM melakukan penguncian level tabel sementara InnoDB dapat melakukan penguncian level baris
- Pengaturan memori/buffer/indeks yang berbeda digunakan dalam file konfigurasi MySQL
- InnoDB biasanya dikatakan memiliki pemulihan kerusakan yang lebih baik
- Seperti yang disebutkan dalam jawaban lain, data disimpan di disk secara berbeda. Saya percaya InnoDB dapat dikonfigurasi di area ini dan dapat memiliki satu file per tabel, dll. jika diperlukan
Saya yakin pencarian google atau situs MySQL akan memunculkan banyak perbedaan lain secara lebih rinci.