Karena jenis Anda:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
Ini adalah pengurutan alami, dan karena pembaruan Anda kemungkinan besar tidak tersedia untuk 1.100 itu, itu menyebabkan beberapa dokumen pindah ke akhir daftar tertaut internal MongoDB, yang merupakan urutan pengurutan default; dengan demikian Anda mendapatkan dokumen duplikat.
Urutkan kueri Anda dengan sesuatu seperti _id atau apa pun, hanya sesuatu.