Mungkin Anda harus menggunakan "$set" dalam kueri pembaruan Anda seperti ini :
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Informasi lebih lanjut dalam dokumentasi
EDIT
Jika tidak berhasil, ini mungkin karena tidak ada kecocokan dengan filter Anda.
Mungkin Anda harus mencoba mencocokkan dengan ObjectId seperti ini :
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Semoga membantu.