Jika ada orang lain yang menghadapi kesalahan ini. Ini masalah dengan pyenv. Bahkan setelah
sudo apt-get install python3-gdbm
perpustakaan akan dipasang di sistem, tetapi tidak di pyenv. Jadi solusinya dijelaskan di sini:
GDBM tidak bekerja dengan Python 3.6 dan anaconda
Langkah-langkahnya akan sama untuk pyenv.