Tingkatkan ke MySQL 5.6, yang mengoptimalkan semi-gabungan terhadap subkueri dengan lebih baik.
Lihat http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/en/subquery-optimization.html
Atau gunakan pengecualian bergabung:
SELECT COUNT(t1.table1_id) FROM table1 t1
LEFT OUTER JOIN table2 t2 USING (table1_id)
WHERE t2.table1_id IS NULL
Pastikan juga table2.table1_id
memiliki indeks di atasnya.