Masalahnya berasal dari mysql menggunakan /var/tmp sebagai tmpdir yang tidak cukup besar untuk menyalin tabel dan membuat indeks yang diperlukan. Saya memperbaikinya dengan mengubah lokasi tmpdir ke tempat yang berisi lebih banyak ruang.
pertama saya buat direktori /home/mysql/tmp
mkdir /home/mysql/tmp
kemudian saya mengubah pemilik direktori itu menjadi mysql:mysql
chown mysql:mysql /home/mysql/tmp
lalu saya menghentikan server mysql
service mysql stop
kemudian mulai lagi dengan perintah berikut:
service mysql start --tmpdir=/home/mysql/tmp
