Dalam server 1GB, tidak memiliki innodb_buffer_pool_size lebih dari sekitar 200M. Mengaturnya ke 800M akan menyebabkan swapping. MySQL mengharapkan cache-nya tetap berada di RAM; ketika mereka ditukar ke disk, kinerjanya sangat buruk.
Tabel Anda mungkin terlalu besar untuk di-cache seluruhnya. Jadi, "pemindaian tabel" akan mengeluarkan cache, membuat cache tidak berguna dan kueri akan berjalan pada kecepatan disk. Temukan cara untuk menghindari kueri seperti itu, atau dapatkan lebih banyak RAM.