Masalahnya adalah format data json Anda, yang berasal dari array $output (asosiatif). Anda tidak ingin '"PER" itu ada di dalamnya! coba ganti baris kode ini:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
dengan ini:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
ini akan mengubah $output dari array asosiatif, menjadi array standar bilangan bulat.
dan garis cetak menambahkan tanda kurung siku tambahan di sekitar data json - yang dibutuhkan jqplot.