Jadi saya akhirnya menggunakan fputcsv untuk meletakkan data yang saya ubah menjadi file CSV baru, lalu saya menggunakan perintah LOAD DATA INFILE untuk memasukkan data dari file csv baru ke dalam tabel. Ini mengubahnya dari waktu habis pada 120 detik untuk 1000 entri, menjadi sekitar 10 detik untuk melakukan 10.000 entri. Terima kasih kepada semua orang yang menjawab.