Saat Anda menggunakan WHERE kondisi pada tabel sisi kanan dari LEFT JOIN (Gabung Luar), secara efektif menjadi INNER JOIN , karena WHERE klausa harus sesuai dengan kondisi. Itulah mengapa Anda hanya mendapatkan kasus di mana c.active = 1 .
Anda perlu menggeser WHERE syaratnya LEFT JOIN .. ON .. AND .. kondisi:
SELECT
p.id, c.id as category_id
FROM
(SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods
LEFT JOIN
products p ON p.id = prods.id
LEFT JOIN
categories c ON c.id = p.category_id
AND c.active = 1