UPDATE messages
SET s_deleted = IF(sender = :sender, 1, s_deleted),
r_deleted = IF(recipient = :recipient, 1, r_deleted)
WHERE id = :id
Seperti yang Anda lihat, "trik" adalah dengan menyetel kolom ke nilai yang ada saat kriteria tidak terpenuhi, sehingga hanya diperbarui jika diperlukan.