Hanya mencoba di sini (tidak 100% yakin) tetapi apakah Anda mencoba menambahkan kolom tujuan seperti ini:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Anda memiliki tiga kolom di tabel Anda dan hanya menyediakan dua data.