Kelas yang ada di <select> asli Anda disalin ke <div> dihasilkan oleh Select2, jadi Anda seharusnya tidak berharap untuk mendapatkan <select> . asli Anda hanya dengan menggunakan pemilih kelas.
Apa yang terjadi sekarang adalah Anda menyetel .html() dari <div> bukannya <select> , itulah sebabnya tidak lagi ditampilkan dengan benar. Alih-alih melakukan
$(".cr_coursedescription").html(html);
Anda harus mencoba
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Jadi hanya mendapatkan <select> elemen.