JPA tidak mengizinkan entitas yang terbuat dari kolom dari beberapa tabel?

Saya tidak begitu mengerti pengaturan Anda.

@SecondaryTable adalah untuk menyimpan satu entitas dalam beberapa tabel, tetapi dalam kasus Anda, Anda memiliki hubungan banyak-ke-satu antara entitas yang berbeda (masing-masing disimpan dalam tabelnya sendiri), dan itu harus dipetakan seperti itu:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}