UPDATE table AS t
JOIN table AS tt
ON t.initials = tt.initials
AND t.surname = tt.surname
AND t.company = tt.company
AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;
Artinya, untuk setiap baris, perbarui jika ada baris lain dengan id yang lebih rendah, dengan inisial, nama keluarga, dan perusahaan yang sama.
Berikut sqlfiddle untuk itu.