Anda tidak memerlukan klausa ON di JPA, karena JPA sudah mengetahui bagaimana entitas terkait berkat anotasi pemetaan.
Selain itu, Anda memilih application , yang bukan alias yang ditentukan dalam kueri Anda.
Dan bergabungnya Anda tidak masuk akal.
Kueri seharusnya hanya
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Baca dokumentasi Hibernate untuk memahami cara kerja HQL dan join.
