AFAIK satu-satunya cara melakukan pencadangan tambahan adalah dengan menggunakan log-biner. Anda memiliki opsi lain jika ingin melakukan pencadangan penuh (hotcopy InnoDB), tetapi inkremental berarti Anda harus mencatat semua transaksi yang dilakukan.
Anda perlu bertanya pada diri sendiri mengapa Anda mencadangkan data. Karena Anda memiliki budak untuk replikasi, saya berasumsi bahwa cadangan terutama untuk mengembalikan data jika terjadi penghapusan yang tidak disengaja?
Saya mungkin akan memutar log setiap 1 jam dan mengambil cadangannya. Artinya, pemulihan akan meninggalkan data paling lama 1 jam, dan Anda dapat memulihkan ke titik waktu mana pun sejak snapshot penuh terakhir.
