Menurut dokumentasi MySQL "bunuh koneksi thread_id" harus mengakhiri koneksi yang terkait dengan thread_id yang diberikan. Tapi sepertinya itu tidak terjadi (dalam hal ini utas Java akan menunggu jawaban selamanya). Mungkin Anda dapat memverifikasi bahwa koneksi benar-benar ditutup menggunakan beberapa alat jaringan (misalnya netstat) .
Saya pernah mengalami hang koneksi MySQL sebelumnya dan harus menggunakan socketTimeout Parameter koneksi JDBC (tapi hati-hati:socketTimeout harus lebih besar dari waktu yang dibutuhkan untuk menyelesaikan kueri yang paling lama berjalan). Anda juga dapat mencoba menggunakan Waktu Kueri habis untuk pernyataan yang telah disiapkan.