Dua masalah yang bisa saya lihat:
Pemeliharaan - akan merepotkan untuk membuat perubahan pada database (mengubah struktur tabel, memodifikasi SP, dll.) jika Anda memiliki ribuan database. Tentu Anda dapat membuat skrip perubahan tetapi banyak basis data adalah lebih banyak peluang untuk kesalahan. Apa yang akan Anda lakukan jika skrip Anda gagal di tengah jalan dan Anda meninggalkan beberapa database yang memiliki perubahan dan beberapa yang tidak? Juga, seperti yang telah disebutkan oleh poster lain, bagaimana dengan pemeliharaan hal-hal seperti string koneksi, login/sandi, dll.?
Sumber Daya - Saya tidak yakin sumber daya apa yang digunakan setiap contoh database tetapi harus ada beberapa overhead untuk menjalankan banyak database. Jika Anda membaginya menjadi beberapa mesin, Anda kembali mengalami masalah Pemeliharaan di atas.
