Anda dalam masalah besar...
Secara default ibdata1 berisi semua data tabel (dan karenanya hilang). Bahkan jika Anda mengonfigurasinya untuk menggunakan file terpisah per tabel, semua data internal MySQL disimpan dalam file itu, dan sejauh yang saya tahu, tidak ada cara untuk memulihkannya.
Sangat berharap Anda memiliki cadangan....