MySQL:Kelompokkan Menurut &Hitung Banyak Bidang

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

Cukup tambahkan service_id ke group by dan select daftar. Itu harus dilakukan.

EDIT -

Sesuai komentar dari @Rajah tampaknya untuk hasil yang Anda harapkan, Anda perlu menggunakan

order by project_id asc, service_id asc