Masalahnya di sini tampaknya cukup mudah.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Utas 189 (koneksi klien) tidak aktif, dan sudah lama, tetapi telah membuat transaksi berjalan. Ini mungkin bug dalam kode yang menggunakan database, karena tidak masuk akal untuk membiarkan transaksi berjalan selama hampir satu jam.
mysql> KILL 189;
Itu akan melepaskan kunci metadata... tetapi Anda perlu mencari tahu mengapa ini terjadi. Bad Things™ akan terjadi jika aplikasi tidak berperilaku lebih baik dari ini.
Juga... aplikasi Anda tidak boleh terhubung sebagai root
. Tidak ada hubungannya dengan masalah, tapi tidak baik, jika memang seperti itu.