Saya memiliki masalah yang sama ketika saya memperbarui server mysql dari 5,5 menjadi 5,7 di Debian 8 (jessie). Dalam kasus yang jarang terjadi, itu mungkin terjadi jika Anda memperbarui secara langsung melewati urutan versi. (Banyak orang melakukan ini, tetapi pemutakhiran semacam itu tidak didukung secara resmi). Dalam kasus saya, ini berfungsi dengan baik ketika saya menjalankan perintah di bawah ini:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Saya harap ini akan membantu Anda