Inilah yang terjadi dengan kunci utama komposit yang menggabungkan peningkatan_otomatis. Buat ulang kunci utama sehingga itu murni bidang kenaikan_otomatis Anda (empId) lalu buat indeks unik di companyId dan empId
EDIT
Perhatikan bahwa ini hanya berlaku untuk tabel MyISAM dan BDB. Jika Anda menggunakan InnoDB untuk tabel Anda, maka itu juga akan berfungsi seperti yang Anda inginkan