Karena Anda menjalankan Tomcat, saya membayangkan cara terbaik untuk mengakses database adalah dengan menulis layanan web yang menangani komunikasi antara aplikasi dan server.
Layanan web akan ditulis dalam Java untuk dijalankan di TomCat menggunakan JSP.
Saya kira Anda mencoba berkomunikasi langsung dengan database MySQL (yaitu menjalankan perintah SQL pada database secara langsung) tetapi saya tidak berpikir Anda dapat melakukan ini (walaupun tidak pernah mencoba atau melihat ke dalamnya), saya selalu berada di bawah kesan bahwa Anda memerlukan beberapa kode di server untuk duduk di antaranya.