Jawabannya ternyata sangat sederhana. Spring Boot memiliki properti pemisah DataSource yang dapat diatur di file application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Kemudian di file schema.sql semua ;
pernyataan yang tidak berada dalam prosedur tersimpan perlu diperbarui dengan pemisah baru.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;