Terus terang, MySQL adalah database sedangkan JSON tidak, jadi jawaban yang benar adalah MySQL, tanpa ragu-ragu. JSON hanyalah sebuah bahasa, dan bahkan hampir tidak. JSON tidak pernah dirancang untuk menangani apa pun seperti koneksi bersamaan atau manipulasi data apa pun, karena fungsinya sendiri adalah mewakili data, bukan untuk mengelola itu.
Jadi gunakan MySQL untuk menyimpan data. Maka Anda harus menggunakan beberapa bahasa pemrograman untuk membaca database itu, dan mengirim informasi itu sebagai JSON, daripada menyimpan apa pun di JSON.
Jika Anda menyimpan data dalam file, baik dalam format JSON atau apa pun, Anda akan memiliki segala macam masalah yang tidak lagi dikhawatirkan orang sejak database mulai digunakan untuk hal yang sama. Batasan ukuran, kunci, sebut saja. Ini cukup baik bila Anda memiliki satu pengguna, tetapi saat Anda menambahkan lebih banyak dari mereka, Anda akan mulai memecahkan begitu banyak masalah sehingga Anda mungkin akan berakhir dengan menulis seluruh mesin database hanya untuk menangani file untuk Anda, sementara Anda bisa saja menggunakan database yang sebenarnya.