Saya telah melihat masalah ini ketika file data tidak ada di direktori data tetapi file definisi tabel ada atau sebaliknya. Jika Anda menggunakan innodb_file_per_table, periksa direktori data untuk memastikan Anda memiliki keduanya .frm file dan file .ibd untuk tabel yang dimaksud. Jika MYISAM, seharusnya ada .frm , .MYI dan .MYD berkas.
Masalah biasanya dapat diselesaikan dengan menghapus file yatim secara manual.