Perilaku bergabung silang (SQLServer 2008)

GABUNG memiliki prioritas lebih tinggi daripada COMMA, jadi pernyataan kedua Anda ditafsirkan sebagai (perhatikan parens yang saya tambahkan):

select sched.id, max(txn.dttm), acc.id
from PaymentSchedulePeriod sched 
,(PaymentSchedulePayment pay
right outer join AccountTransaction txn on pay.accountTransactionFk=txn.id 
right outer join Account acc on txn.accountFk=acc.id)
where sched.accountFk=acc.id 
group by sched.id, acc.id

Lihat juga:JOIN aturan precendence per SQL-99