Anda telah menginstal JRE dan bukan JDK.
Untuk mengompilasi kode asli JNI, Anda perlu menginstal JDK, yang dilengkapi dengan header jni.h yang sesuai, serta header khusus OS.
Saat Anda melakukannya, perbarui jalur penyertaan Anda ke
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux