Saya memiliki masalah serupa. Saya menggunakan Spring Boot 1.5.9 dan postgres 9.6, data.sql dengan sisipan. Encoding pada data.sql adalah UTF-8, tetapi setelah memulai aplikasi, dalam DB adalah simbol khusus, bukan huruf Rusia.
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8
Properti ini di application.properties telah membantu.
Semua properti yang bertanggung jawab atas DB:
spring.datasource.jndi-name=java:/PostgresDS
spring.jpa.properties.hibernate.default_schema=my_scheme_name
spring.jpa.hibernate.ddl-auto = update
spring.jpa.show-sql = false
spring.jpa.properties.hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.PostgreSQLDialect
spring.datasource.continue-on-error=true
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8
