Dalam kueri Anda saat ini, Anda menghitung jumlah baris dalam tabel penyakit, sekali menggunakan kolom condition_id, sekali menggunakan kolom person_id. Tetapi jumlah barisnya sama - inilah mengapa Anda mendapatkan 1 sebagai hasilnya.
Saya pikir Anda perlu menemukan jumlah nilai yang berbeda untuk kolom ini. Ini dapat dilakukan dengan menggunakan hitungan berbeda:
select (COUNT(DISTINCT condition_id)/COUNT(DISTINCT person_id)) as prevalence
from disease
where condition_id=12345;