Pendekatan dengan jsonb_array_elements dan jsonb_set adalah ide yang tepat, tapi entah bagaimana Anda menempatkan mereka dengan cara yang salah:
UPDATE myTable SET myColumn = jsonb_set(myColumn, '{A}', (
SELECT jsonb_agg( element || '{"myArray":[]}' )
FROM jsonb_array_elements(myColumn -> 'A') element
));
Btw jika kolom Anda sudah memiliki jsonb tipe data, Anda tidak perlu gips.