Pasti karena Anda menginstal psycopg2 di instalasi python tingkat sistem Anda bukan di virtualenv Anda.
sudo apt-get install python-psycopg2
akan menginstalnya di instalasi python tingkat sistem Anda.
Anda dapat menginstalnya di virtualenv Anda dengan
pip install psycopg2
setelah mengaktifkan virtualenv Anda atau Anda dapat membuat virtualenv Anda dengan --system-site-packages
tandai sehingga virtualenv Anda akan memiliki paket di python tingkat sistem Anda yang sudah tersedia.
virtualenv --system-site-packages test
di mana test
adalah virtualenv Anda.