Tingkatkan batas memori dan waktu skrip php Anda, karena Anda menjalankan instruksi mysql melalui server php.
Periksa file php.ini Anda untuk vars ini:
memory_limit
max_execution_time
Tapi bagaimanapun saya akan melakukannya melalui klien mysql (terminal), periksa mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Dokumentasi MySQL - Muat Sintaks File Data Dokumentasi PHP - Ini pengaturan inti