Menemukan masalahnya.
Karena saya mendefinisikan database saya di file lib.js saya
users = new Meteor.collection("users");
Saya tidak perlu meletakkan db di depan db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . Saya juga perlu menemukan dokumen menggunakan mongo yang diberikan _id , bukan pengenal "username" .
jadi kode yang sesuai adalah
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});