Itu tergantung pada jenis pembaruan yang Anda buat. Jika pembaruan ini menumbuhkan dokumen Anda (push array atau serupa), maka ya, Anda akan mengalami beberapa fragmentasi. Pembaruan di tempat ($inc) tidak menyebabkan dokumen dipindahkan (tidak ada fragmentasi).
Omong-omong, ini bukan fragmentasi semata, melainkan beberapa ruang yang terbuang. Artinya, jika dokumen dipindahkan ke lokasi baru, lokasi lama tidak akan digunakan kembali.
