JSON.stringify biasanya tidak menghapus objek kosong, jadi ini khusus untuk luwak.
Saya sarankan mencoba .toObject() atau .toJSON()
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
Yang ini akan dipanggil selama .stringify jadi mungkin itulah yang memotong objek kosong.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
Jadi coba ini dulu:
JSON.stringify(obj.toObject());