Saya memiliki masalah yang sama dengan mongo 3.0.0 dan 3.1.9 dengan database yang relatif kecil (12GB).
Setelah menghabiskan sekitar 4 jam waktu untuk ini, saya menemukan solusi menggunakan tersembunyi parameter
mongorestore --batchSize=10
di mana jumlahnya bervariasi tergantung pada sifat data Anda. Mulai dengan 1000.