Saya berasumsi bahwa masalah Anda adalah, hanya satu dokumen yang diperbarui, bukan? Jika demikian, ada pengaturan lain yang harus Anda tentukan di parameter ketiga (parameter opsi) untuk metode pembaruan:
multiple => true
Jika tidak, itu hanya akan memperbarui kecocokan pertama dari kueri Anda. Lihat dokumentasi metode pembaruan di:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php