Coba:
db.XXX.find({ "_id.module" : "B" });
Perbedaannya adalah kueri asli Anda akan mencoba mencocokkan pada seluruh subdokumen tersebut (yaitu di mana _id adalah subdokumen yang berisi bidang "modul" dengan nilai "B" dan tidak ada yang lain)
Referensi:MongoDB Dot Notation