Anda perlu mengelompokkan null _id sehingga semua services dikelompokkan dalam satu dokumen. Juga $unwind array layanan sebelum pengelompokan, grup lain akan memberi Anda array array
db.project.aggregate(
{$unwind: '$services'},
{$group: {_id:null, services: {$push: '$services'}}}
)