Perbedaan utama adalah bahwa penyimpanan dokumen (mis. MongoDB dan CouchDB) memungkinkan dokumen kompleks yang sewenang-wenang, yaitu subdokumen dalam subdokumen, daftar dengan dokumen, dll. sedangkan penyimpanan kolom (mis. Cassandra dan HBase) hanya mengizinkan format tetap, mis. kamus satu tingkat atau dua tingkat yang ketat.
