Apa yang Anda lakukan adalah cara terbaik dan paling optimal untuk melakukannya di Mongo. Saya berada dalam situasi yang sama dan setelah melakukan semua kemungkinan implementasi pola desain N:M, saya juga sampai pada solusi yang sama.
Rupanya, Ini bukan hal mongodb, tetapi lebih merupakan konsep NoSQL, di mana, data (Kursus) yang kurang berubah dapat disimpan secara terpisah. Dan karena menghapus Kursus tidak akan menjadi operasi yang sangat sering, cukup layak untuk memeriksa semua catatan untuk menghapusnya.
Di sisi lain, Anda bisa membiarkannya apa adanya. Dalam logika aplikasi Anda, abaikan saja nilai Kursus dalam dokumen Siswa yang sama sekali tidak memiliki reference_id di dokumen Kursus. Namun dalam hal ini, Anda harus memastikan bahwa Course_id lama yang dihapus tidak digunakan kembali.
ATAU cukup gunakan tanda yang dihapus pada dokumen Kursus dan tangani semua hal lain dalam logika aplikasi Anda.
